输入文件
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用于生成PyMOL脚本的参考结构
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残基间距离矩阵（N×N方阵）
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残基间相关性矩阵（N×N方阵）
计算参数
残基间距离超过此值将被忽略
边使用分数阈值，高于此值的边将被保留
避免log(0)的极小值